Esminis skirtumas tarp tiocianato ir izotiocianato yra tas, kad tiocianatas yra funkcinė grupė, kurioje alkilo arba arilo grupė yra prijungta per sieros atomą, o izotiocianatas yra tiocianato, kuriame alkilo arba arilo grupė yra prijungta per azoto atomą, jungiamasis izomeras.
Tiocianatas ir izotiocianatas yra funkcinės grupės, turinčios anglies, azoto ir sieros atomus. Šios funkcinės grupės turi tą patį atomų ryšį. Tai yra, anglies atomas yra viduryje, o azoto ir sieros atomai yra pritvirtinti prie jo šonų. Tačiau cheminis ryšys tarp šių atomų skiriasi vienas nuo kito.
