Pagrindinis skirtumas tarp obuolių rūgšties ir maleino rūgšties yra tas, kad obuolių rūgštis yra prisotinta dikarboksirūgštis, o maleino rūgštis - nesočioji dikarboksirūgštis.
Obuolių rūgštis ir maleino rūgštis yra dikarboksirūgštys. Tai reiškia, kad šiuose junginiuose yra dvi karboksilo grupės (-COOH) toje pačioje molekulėje, prijungtos prie dviejų skirtingų anglies atomų. Skirtumas tarp obuolių rūgšties ir maleino rūgšties priklauso nuo prisotinimo (dvigubų arba trigubų ryšių buvimas reiškia neprisotinimą). Kadangi maleino rūgštis turi dvigubą jungtį tarp dviejų anglies atomų, tai yra nesočiųjų junginys. Bet tarp obuolių rūgšties anglies atomų nėra dvigubų ar trigubų ryšių.
