Pagrindinis skirtumas tarp protomerų ir kapsomerų yra tas, kad protomerai yra struktūriniai oligomerinių baltymų vienetai, o kapsomerai yra atskiri baltymai, susidedantys iš protomerų, kurie yra struktūriniai viruso kapsidės vienetai.
Virusas yra tarpląstelinis parazitas, kuris yra infekcinė dalelė. Kapsidas yra vienas iš dviejų pagrindinių viruso dalelės komponentų. Tai baltymų apvalkalas, kuris supa ir apsaugo viruso genomą. Kapsidą sudaro protomerai, kurie yra oligomerinių baltymų struktūriniai vienetai. Kapsomeras yra struktūrinis viruso kapsidės padalinys ir tai yra kelių protomerų, kaip vieneto, agregatas. Taigi protomerai patys susirenka, kad susidarytų kapsomerai, o kapsomerai - patys, kad susidarytų kapsidai.
