Pagrindinis skirtumas tarp opsonizacijos ir neutralizavimo priklauso nuo to, kaip jie atlieka imunologinį atsaką. Vykstant opsonizacijai, ligos sukėlėjai pažymimi prieš juos sunaikinant, o neutralizuojant patogeno poveikis neutralizuojamas.
Imunologiniai atsakai gali būti įgimti ar prisitaikantys. Ligos sukėlėjai turi patogenų atpažinimo receptorius, kurie palengvina šeimininko identifikavimą. Vykstant opsonizacijai, šeimininkas gamina opsoninus. Tačiau neutralizuojant, šeimininkas gamina neutralizuojančius antikūnus, kad neutralizuotų antikūno ir antigeno reakcijos poveikį.
