Pagrindinis skirtumas tarp parazitų ir bakterijų yra tas, kad bakterijos yra vienaląsčiai mikroskopiniai prokariotai, gyvenantys visur, o parazitai yra organizmai, kurie gyvena ant jų šeimininkų ar jų šeimose, tuo pačiu sukeldami šeimininkų infekcijas.
Parazitai ir bakterijos yra organizmai, kurie primena labai primityvius organizmus, tačiau puikiai prisitaiko, kad išgyventų skirtingomis aplinkos sąlygomis. Žmonėms šie organizmai yra svarbiausi, nes didžiąją dalį žmonių infekcijų sukelia būtent jie. Kartais tam tikros bakterijos laikomos parazitais.