Pagrindinis skirtumas tarp aflatoksino ir mikotoksino yra tas, kad aflatoksinas yra tam tikros rūšies nuodingas mikotoksinas, kurį gamina Aspergillus rūšys, o mikotoksinas yra antrinis metabolitas, kurį gamina grybai, galintys sukelti žmonių ir kitų gyvūnų ligas ir mirtį.
Kai kurie grybai sukelia ligas žmonėms ir kitiems gyvūnams. Jie įsiskverbia į gyvūnų ląsteles, jomis minta ir auga. Be to, yra dar viena priemonė, kuria grybai gali sukelti ligas. Jie yra antriniai metabolitai, kurie yra toksinai. Tam tikri grybai, ypač pelėsiai, gamina antrinius metabolitus, vadinamus mikotoksinais. Šie grybai auga ant maisto ir išskiria mikotoksinus. Kai vartojame maisto produktus, užterštus mikotoksinais, tai sukelia įvairius neigiamus padarinius sveikatai ir kelia rimtą grėsmę mūsų sveikatai. Yra šimtai skirtingų mikotoksinų. Tarp jų aflatoksinas yra labiausiai nuodingas ir dažniausiai susiduriantis mikotoksinas, kurį gamina Aspergillus rūšys. Taigi šiame straipsnyje trumpai paaiškinamas skirtumas tarp aflatoksino ir mikotoksino.