Esminis skirtumas tarp esterio ir eterio yra tas, kad esterio funkcinė grupė yra –COO, o eterio funkcinė grupė –O-.
Esteris ir eteris yra organinės molekulės su deguonies atomais. Esteriai turi grupę –COO. Čia vienas deguonies atomas yra sujungtas su anglimi dvigubu ryšiu, o kitas deguonis - vienu ryšiu. Kadangi tik trys atomai jungiasi su anglies atomu, aplink jį yra trigoninė plokštumos geometrija. Be to, anglies atomas yra hibridizuotas sp 2. Be to, esteris yra karboksirūgšties darinys. Kita vertus, eteris turi deguonies atomą, turintį du viengubus ryšius su dviem alkilo arba arilo grupėmis. Deguonies atomas taip pat turi dvi vienišas elektronų poras.
