Pagrindinis skirtumas tarp heterochromatino ir euchromatino yra tas, kad heterochromatinas yra labai supakuota chromatino forma, kuri paprastai yra neaktyvi, o euchromatinas yra laisvai supakuota chromatino forma, kuri paprastai yra aktyvi.
Chromatinas yra struktūra, palaikanti chromosomos DNR grandinę. Heterochromatinas ir euchromatinas yra dvi pagrindinės chromatino rūšys, esančios ląstelėse. Pagal heterochromatiną ir euchromatiną skiriasi struktūra ir funkcija. Be to, jie skiriasi nuo transkripcijos ir replikacijos savybių.