Esminis mezodermos ir mezenchimos skirtumas yra tas, kad mezoderma yra vienas iš trijų dvišaliai simetriškų gyvūnų gemalo sluoksnių, o mezenchima yra nediferencijuotas audinys, randamas tikrojoje embriono mezodermoje.
Diploblastinių gyvūnų kūno planas yra gana paprastas su dviem ląstelių sluoksniais. Du sluoksniai yra išorinis ektodermas ir vidinis endodermas. Ektodermos ląstelės susiduria su aplinka, o endodermos ląstelės - su enteronu, kuris yra ertmė su viena anga į išorę. Anga yra burna. Be to, triploblastinė būklė yra būklė, kai embrione susidaro trečias sluoksnis, žinomas kaip mezodermas. Mesodermas yra tarp ektodermos ir endodermos, atskiriantis du ląstelių sluoksnius. Trečiasis sluoksnis yra svarbus kūnui. Kai kuriems gyvūnams didžioji dalis mezodermos lieka nediferencijuota ir suformuoja pakavimo audinį, vadinamą mezenchimu, palaikančiu ir apsaugančiu kūno organus.
