Pagrindinis skirtumas tarp gelio filtravimo ir gelio prasiskverbimo chromatografijos yra tas, kad judrioji gelio filtravimo chromatografijos fazė yra vandeninis tirpalas, o judrioji gelio skverbimo chromatografijos fazė yra organinis tirpiklis.
Tiek gelio filtravimas, tiek gelio prasiskverbimo chromatografija priklauso dydžio išskyrimo chromatografijos kategorijai, kurioje mes galime atskirti molekules tirpale, atsižvelgdami į jų dydį. Tai yra, kartais mes galime atskirti molekules pagal jų molekulinį svorį. Paprastai mes naudojame šias technologijas atskirti sudėtingas molekules, tokias kaip baltymai, ir pramoniniu mastu, atskirti polimerines medžiagas. Pagrindinis skirtumas tarp gelio filtravimo ir gelio prasiskverbimo chromatografijos yra mobilioje fazėje, kurią naudojame kiekvienoje technikoje.
