Pagrindinis skirtumas tarp vidinio ir išorinio kvėpavimo yra tas, kad vidinis kvėpavimas reiškia medžiagų apykaitos reakcijų rinkinį, vykstantį ląstelėse energijai gaminti oksiduojant gliukozę ir kitas organines molekules, o išorinis kvėpavimas reiškia deguonies judėjimą iš išorinės aplinkos į ląsteles ir anglies dioksidą iš organizmo perkelia į išorinę aplinką.
Išgirdus kvėpavimo terminą, jis gali priminti procesą, vadinamą kvėpavimu. Tai oro įkvėpimo ir iškvėpimo procesas. Tačiau, išskyrus šį procesą, yra dar vienas kvėpavimo procesas, vykstantis organizmų ląstelių viduje. Tai procesas, vadinamas ląstelių kvėpavimu. Taigi šie du procesai, kvėpavimas ir ląstelinis kvėpavimas, atitinkamai vadinami išoriniu kvėpavimu ir vidiniu kvėpavimu. Vidinis ir išorinis kvėpavimas skiriasi daugeliu aspektų. Nepaisant to, vidinis ir išorinis kvėpavimas yra susijęs vienas su kitu, nes vidinis kvėpavimas naudoja deguonį, kuris gaunamas per išorinį kvėpavimą, o išorinis kvėpavimas pašalina anglies dioksidą; vidinio kvėpavimo šalutinis produktas.
