Pagrindinis skirtumas tarp IS ir Laimo ligos yra tas, kad Laimo liga yra infekcinė liga, o IS nėra uždegiminė liga, neturinti infekcinės kilmės. Tai reiškia, kad išsėtinė sklerozė yra lėtinė autoimuninė T-ląstelių sukelta uždegiminė liga, veikianti centrinę nervų sistemą. Laimo ligą, kita vertus, sukelia spirocheta, pavadinta Borrelia burgdoferi, kuri į žmogaus organizmą patenka įkandus utėlėms ar erkėms.
Tiek išsėtinė sklerozė, tiek Laimo liga yra ligos, galinčios paveikti mūsų neurologinę sistemą.