Pagrindinis skirtumas - PCR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys
Atsižvelgiant į naujausius pokyčius molekulinės biologijos srityje, buvo sukurtos skirtingos genetinės technikos, kurios leido lengvai ir tiksliai atlikti skirtingų tiriamųjų būdų tyrimo procesus. PGR ir kitos sekvenavimo procedūros yra du svarbūs tokie metodai. Jie naudoja skirtingus komponentus. Pradmenys yra laikomi pagrindiniu komponentu, bendru tiek PGR, tiek sekvenavimo metodams. PGR pradmenys naudojami tam tikros DNR sekos amplifikacijai, o sekvenavimo pradmenys naudojami DNR fragmento sekvenavimo kontekste, siekiant atskleisti jo specifinę nukleotidų sekos tvarką. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvenuojančių pradmenų.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra PGR pradmenys
3. Kas yra sekvenavimo pradmenys
4. PGR pradmenų ir sekvenuojančių pradmenų panašumai
5. Šalia palyginimas - PGR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys lentelės forma
6. Santrauka
Kas yra PCR pradmenys?
Polimerazės grandininė reakcija (PGR) yra genetinė technika, naudojama molekulinės biologijos srityje, siekiant sustiprinti vieną ar kelias konkretaus DNR segmento kopijas ir gauti daug milijonų vienodų kopijų. PGR reakcijoje naudojami skirtingi komponentai, įskaitant pradmenis. Pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotidų ilgis yra 18-25, todėl jie yra suderinami su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis. Gruntai gali būti gruntas į priekį ir atvirkštinis. Šie pradmenys jungiasi prie DNR fragmento konkrečiuose taškuose, kur ji priverčia DNR polimerazę prisijungti prie konkretaus pradmens toje vietoje ir pradėti naujos DNR grandinės sintezę.
Pradmenų parinkimas yra svarbus PGR proceso aspektas. Svarbu pasirinkti grunto ilgį. Idealus ilgis būtų 18-25 nukleotidai. Jei ilgis yra per trumpas arba per ilgas, pradmenys nesusijungs su tiksliai amplifikuotina DNR seka. Per trumpi pradmenys sukelia nespecifinį pradmenų atkaitinimą skirtingose DNR sekos vietose.
01 pav.: PGR pradmenys
Guanino ir citozino (GC) kiekis gerame grunte turėtų būti 40–60. Grunto grūdinimo temperatūra ir lydymosi temperatūra yra gyvybiškai svarbūs veiksniai atliekant PGR. Lydymosi temperatūra turėtų būti tiksliai apskaičiuota, o grunto atkaitinimo temperatūra turėtų būti 5 0 C žemesnė nei lydymosi temperatūra. Lydymosi temperatūra turėtų būti 60 ° C ir 75 ° C. Per aukšta arba per žema temperatūra lems mažiau aktyvų DNR polimerazės aktyvumą.
Kas yra sekvenciniai pradmenys?
Sekvenciniai pradmenys naudojami DNR fragmento sekos nustatymo kontekste, siekiant atskleisti jo specifinę tapatybę. Norint gauti gerus sekos rezultatus, svarbu aukštos kokybės pradmenis ir šablonus. Taigi, pasirinkus pradmenis, jie turėtų būti unikalūs tam tikrame regione, kuriame norime sekos. Jis taip pat turėtų būti su teisinga orientacija, kai sekos paprastai generuojamos nuo 3 'iki 5' pradmenų galų. Sekoje neturėtų būti nepageidaujamos savęs hibridizacijos, tokios kaip plaukų segtukų kilpų formavimas. Jame neturėtų būti nuosekliai formuojamų guanino bazių.
Grunto lydymosi temperatūra (Tm) turi būti tinkama sekos nustatymo sąlygoms. Todėl, ji turi būti tarp 52 ° C ir 74 ° C. paruošimas oligonukleotidų būti naudojamas kaip gruntas turėtų būti išgryninti gauti Ieškomam pilno ilgio sekos. Jei oligonukleotiduose yra priemaišų, pradmenų sekos signalizacija bus uždėta iš skirtingų pradinių vietų, taip pat sumažės bazinių ląstelių skaičius.
02 pav. Sekos gruntai
Oligonukleotido pradinio lydymosi temperatūra (Tm) lemia, kaip stipriai komplementarios DNR grandinės yra hibridizuojamos tarpusavyje. Tm gali būti laikomas termodinaminiu skaičiavimu, kai jis priklauso nuo DNR sekų ir kelių sąlygų, tokių kaip druskos koncentracija. Tm yra svarbus atliekant PGR, kai variantas, vadinamas ciklo sekvenavimu, naudojamas dideoksinukleotidais užbaigtų fragmentų grupei gaminti. Čia gruntas, kuris yra sekvenuojamas, iš pradžių bus alternatyviai atkaitinamas, paskui pratęsiamas ir galiausiai denatūruojamas amplifikacijai. Todėl Tm vertė turėtų būti tarp 52 o C ir 74 oC. Sintezuotus oligonukleotidus galima pasirinkti DNR / RNR sintezės laboratorijose pagal pasirinkimą. Nedidelė sintezės skalė, naudojama DNR sekvenavimui, paprastai yra 50 nmol. Taip pat svarbiausia, kad gruntai, naudojami sekvenavimui, turėtų būti išvalyti, kad juose nebūtų priemaišų, kurios neleistų sumažinti kokybės.
Kuo panašūs PCR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys?
- Tiek PCR pradmenys, tiek sekvenavimo pradmenys yra pradmenys, naudojami tikslinės DNR sekos amplifikacijos procese.
- PCR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys yra sudaryti iš nukleotidų.
- PCR pradmenys ir sekvenavimo pradmenys yra trumpi oligomerai.
Koks skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvenuojančių pradmenų?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
PCR pradmenys ir sekvenciniai pradmenys |
|
| PGR pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotidų sekos ilgis yra 18-25, todėl jie yra suderinami su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis. | Sekvenavimo pradmenys yra trumpi oligomerai, naudojami DNR fragmento sekvenavimo kontekste, siekiant atskleisti jo specifinę tapatybę. |
| Funkcija | |
| PGR pradmenys naudojami tam tikros DNR sekos amplifikacijai. | Sekvenavimo pradmenys naudojami DNR fragmento sekos nustatymo kontekste, siekiant atskleisti jo specifinę tapatybę. |
| Reikalingų gruntų skaičius | |
| Du gruntai; vienas į priekį ir vienas atvirkštinis pradmuo yra naudojami kaip PGR pradmenys. | Kaip sekvencinį pradmenį reikia tik vieno grunto. |
Santrauka - PCR pradmenys ir sekvenciniai pradmenys
Sekvenciniai pradmenys naudojami DNR fragmento sekos nustatymo kontekste, siekiant atskleisti jo specifinę tapatybę. Procesui vykdyti pakaks vieno sekvenavimo pradmens. Norint gauti gerus sekos rezultatus, svarbu aukštos kokybės pradmenis ir šablonus. Taigi, pasirinkus pradmenis, jie turėtų būti unikalūs tam tikrame regione, kuriame norime sekos. PGR pradmenys yra trumpos DNR grandinės, kurių nukleotidų ilgis yra 18-25, suderinamas su amplifikuojamų DNR fragmentų pradžios ir pabaigos sritimis. PGR pradmenys gali būti pradinis ir atvirkštinis. Guanino ir citozino (GC) kiekis gerame grunte turėtų būti 40–60. Grunto grūdinimo temperatūra ir lydymosi temperatūra yra gyvybiškai svarbūs aspektai atliekant PGR. Tai skirtumas tarp PGR pradmenų ir sekvenavimo pradmenų.
