Pagrindinis skirtumas - RAPD ir RFLP
Genetiniai žymekliai naudojami molekulinėje biologijoje, siekiant nustatyti genetinius skirtumus tarp individų ir rūšių. Atsitiktinė amplifikuota polimorfinė DNR (RAPD) ir ribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) yra du svarbūs molekuliniai žymenys, paprastai naudojami laboratorijose. RAPD atliekamas naudojant trumpus ir savavališkus oligonukleotidinius pradmenis, ir jis pagrįstas atsitiktine daugelio vietų amplifikacija visoje organizmo DNR matricoje. RFLP atliekamas su specifine restrikcijos endonukleaze ir yra pagrįstas gautų restrikcijos fragmentų ir hibridizacijos polimorfizmu. Pagrindinis skirtumas tarp RAPL ir RFLP yra tas, kad RAPD yra tam tikra PGR metodika, atliekama be išankstinių žinių apie seką, tuo tarpu RFLP nedalyvauja PGR ir jai atlikti reikalingos išankstinės sekos žinios.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra RAPD
3. Kas yra RFLP
4. Palyginimas greta - RAPD ir RFLP
5. Santrauka
Kas yra RAPD?
RAPD yra naudingas molekulinis žymeklis molekulinėje biologijoje. Tai greita ir lengva technika. RAPD gali būti apibrėžtas kaip metodas, kurio rezultatas yra polimorfinės DNR sekos, atsitiktinai sustiprinus daugelį tikslinių DNR šablonų vietų. PGR amplifikacijai RAPD naudoja trumpus oligonukleotidinius pradmenis su savavališkomis sekomis. Pradmenys dirbtinai sintetinami be išankstinių žinių apie seką. Taigi tai laikoma lengva ir naudinga technika.
Šie pagrindiniai RAPD veiksmai yra susiję.
- Tikslinės DNR išskyrimas
- Daugelio taikinio DNR vietų amplifikacija naudojant atsitiktinai parinktus pradmenis
- Pagerintų PGR produktų gelio elektroforezė
- Dažymas etidžio bromidu ir polimorfizmo identifikavimas
Dėl grunto atkaitinimo variacijos amplifikacijos metu susidaro skirtingi fragmentai su skirtingais ilgiais. Taigi juostų raštai ant gelių yra skirtingi asmenims ir rūšims. Taigi RAPD leidžia aptikti genetinę organizmų variaciją identifikuojant ir diferencijuojant.
RAPD taikoma atliekant įvairius molekulinės biologijos tyrimus, pavyzdžiui, nustatant genetinį skirtumą tarp glaudžiai susijusių rūšių, genų kartografavimą, DNR pirštų atspaudus, paveldimų ligų nustatymą ir kt.
01 pav.: RAPD
Kas yra RFLP?
Ribojimo fragmento ilgio polimorfizmai (RFLP) yra molekulinis žymeklis, naudojamas molekulinėje biologijoje, siekiant nustatyti genetines variacijas homologinėse DNR sekose. Tai pirmasis genetinis žymeklis, sukurtas DNR pirštų atspaudams paimti. Visi organizmai gamina unikalius DNR profilius, kai juos riboja specifiniai restrikcijos fermentai. RFLP yra svarbi priemonė gaminant unikalius asmenų DNR profilius ir nustatant jų genetinę variaciją. Kai DNR mėginiai suardomi specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis, gaunami skirtingi kiekvienam asmeniui būdingi DNR profiliai. Todėl pagrindinis šio metodo tikslas yra aptikti organizmų genetinę variaciją, ribojant homologinę DNR specifiniais restrikcijos fermentais, ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė naudojant elektroforezę gele ir blotavimą. Blotavimo modeliai būdingi kiekvienam organizmui ir apibūdina specifinius genotipus.
Šie veiksmai yra susiję su RFLP.
- Pakankamas DNR kiekio išskyrimas iš mėginių
- DNR mėginių su specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis fragmentavimas į trumpą seką
- Gautų skirtingo ilgio fragmentų atskyrimas elektroforeze agarozės gelio pagalba.
- Gelio profilio perkėlimas į membraną Southern blot būdu
- Membranos hibridizavimas su pažymėtais zondais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė kiekviename profilyje
RFLP naudoja įvairias programas, tokias kaip paveldėjimo ligų diagnozavimas, genomo kartografavimas, kriminalinės tapatybės nustatymas teismo medicinos tyrimuose, tėvystės testavimas ir kt.
02 paveikslas: RFLP genotipų nustatymas
Kuo skiriasi RAPD ir RFLP?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
RAPD ir RFLP |
|
| RAPD yra molekulinis žymeklis, pagrįstas atsitiktiniais pradmenimis ir PGR. | RFLP yra molekulinis žymeklis, pagrįstas skirtingų ilgio restrikcijos fragmentų gamyba. |
| Reikalingas pavyzdys | |
| RAPD analizei pakanka mažų DNR mėginių. | RFLP analizei atlikti reikalingas didelis kiekis ištraukto DNR mėginio. |
| Laikas | |
| RAPD yra greitas procesas. | RFLP yra daug laiko reikalaujantis procesas. |
| Grunto naudojimas | |
| Naudojami atsitiktiniai pradmenys ir tie patys pradmenys gali būti naudojami skirtingoms rūšims. | Hibridizacijai RFLP naudojami specifinių rūšių zondai. |
| Patikimumas | |
| Technikos patikimumas yra mažesnis, palyginti su RFLP. | RFLP yra patikima technika. |
| Blotingas | |
| RAPD apima pietų blotavimą. | Southern blotting yra vienas RFLP žingsnis. |
| Alelinio variacijos nustatymas | |
| Alelinių variantų RAPD nustatyti negalima. | Alelinius pokyčius galima aptikti RFLP. |
| Sekos žinių poreikis | |
| RAPD nereikia išankstinių žinių apie seką. | Norint projektuoti zondą, reikalingos išankstinės sekos žinios. |
| PGR | |
| PGR dalyvauja RAPD | PGR nėra susijęs su RFLP. |
| Atkuriamumas | |
| RAPD yra mažai atkuriamas | RFLP yra labai atkuriamas, palyginti su RAPD. |
Santrauka - RAPD ir RFLP
RAPD ir RFLP yra svarbūs molekulinės biologijos žymenys. Abu metodai gali nustatyti genetinę organizmų variaciją. RAPD atliekamas naudojant atsitiktinius pradmenis. RFLP atliekamas naudojant specifinius restrikcijos fermentus. Abu metodai sukuria unikalių organizmų DNR profilius. RAPD apima palyginti nedaug žingsnių nei RFLP. Bet tai duoda mažiau patikimų ir atkuriamų rezultatų nei RFLP. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp RAPD ir RFLP.
