Pagrindinis skirtumas tarp CRISPR ir CRISPR Cas9 yra tas, kad CRISPR (reguliariai grupuojamas trumpas palindrominis pasikartojimas) yra natūraliai atsirandantis prokariotinės imuninės gynybos mechanizmas, o CRISPR cas9 yra RNR vedama Cas9 nukleazė, kuri yra CRISPR adaptyviosios imuninės sistemos dalis.
CRISPR yra antivirusinė gynybinė imuninė sistema, randama bakterijose ir archėjose. Tai DNR sekų šeima, randama bakterijų genome. Jis susideda iš tarpinių sekų, gautų iš anksčiau juos užkrėtusių bakteriofagų DNR fragmentų. Vėlesnėse virusinėse infekcijose bakterijos naudoja šias sekas viruso DNR sunaikinimui. CRISPR sekos turi trumpus palindrominius pasikartojimus ir tarpines sekas. Be to, CRISPR pakartotinės tarpinės sekos dažnai turi susijusius genus, kurie koduoja Cas baltymus. Cas9 yra RNR valdoma endonukleazė. Kartu su CRISPR sekomis Cas9 baltymas veikia kaip prisitaikanti bakterijų imuninė sistema prieš bakteriofagus.