Pagrindinis skirtumas tarp linijinių ir rotacinių molekulinių variklių yra daugiausia dėl kompleksų, sudarančių variklinį baltymą, judėjimo. Nors linijiniai molekuliniai varikliai rodo vienakryptį linijinį judėjimą tarp kompleksų, rotaciniai molekuliniai varikliai rodo sukamuosius judesius aplink skirtingus kompleksus, formuojančius molekulinį motorą.
Molekuliniai varikliai yra svarbios biomolekulės, dalyvaujančios daugelyje reakcijų, ypač susijusios su energijos generavimu, kalbant apie adenozino trifosfatą (ATP). Jie atlieka pagrindinį vaidmenį judant ar atliekant mechaninį darbą. Motoriniai baltymai naudoja laisvą energiją iš ATP arba nukleotidų trifosfatų hidrolizės, kad sukurtų mechaninę jėgą. Yra dviejų tipų molekuliniai varikliai: linijiniai ir rotaciniai molekuliniai varikliai. Jie atspindi du variklio darbo režimus.
