Pagrindinis skirtumas tarp endosimbiozės ir invaginacijos yra tas, kad endosimbiozė yra teorija, paaiškinanti mitochondrijų ir chloroplastų kilmę eukariotinės ląstelės viduje, o invaginacija yra procesas, kuris paaiškina branduolio ir kitų ląstelių organelių kilmę formuodamasis invazija iš plazmos membrana į ląstelės vidų.
Mokslininkai mano, kad eukariotinės ląstelės išsivystė iš prokariotinių ląstelių. Jie sukūrė daug teorijų, paaiškinančių, kaip įvyko ši evoliucija. Endosimbiozė yra viena iš tokių teorijų, kuri paaiškina mitochondrijų ir chloroplastų kilmę eukariotinėse ląstelėse iš prokariotinių bakterijų. Tuo tarpu invaginacija yra procesas, kuris paaiškina branduolio ir kitų eukariotinės ląstelės viduje esančių organelių kilmę.
