Pagrindinis skirtumas tarp plastochinono ir plastocianino yra tas, kad plastochinonas yra lipofilinė nešiklio molekulė, per citochromo b6f baltymų kompleksą perduodanti elektronus plastocianinui. Bet plastocianinas yra nedidelis vandenyje tirpus mėlynojo vario baltymas, kuris priima porą elektronų iš citochromo b 6 f komplekso ir perduoda jį I fotosistemai tilakoidinėje erdvėje.
Fotosintezė turi dviejų tipų reakcijas: nuo šviesos priklausomos reakcijos ir nuo šviesos nepriklausomos reakcijos. Šie du fotosistemų tipai vaidina svarbų vaidmenį nuo šviesos priklausomose reakcijose. Jie yra I ir II fotosistemos. Fotosistemos yra dideli baltymų ir pigmentų arba šviesą sugeriančių molekulių kompleksai. Jie užfiksuoja saulės spindulių energiją. P700 yra I fotosistemos reakcijos centras, o P680 - II fotosistemos reakcijos centras. Kiekviena fotosistema sugeria šviesą ir fotofosforilinant gamina ATP. Jie taip pat gamina NADPH. Nuo šviesos priklausomose reakcijose dalyvauja keli elektronų priėmėjų tipai. Plastochinonas ir plastocianinas yra dviejų tipų molekulės, dalyvaujančios elektronų pernešimo grandinėje.
