Pagrindinis skirtumas tarp hemocianino ir hemoglobino yra tas, kad hemocianinas yra vario turintis tarpląstelinis kvėpavimo pigmentas, esantis kai kuriuose bestuburiuose kraujyje, o hemoglobinas yra geležies turintis tarpląstelinis kvėpavimo pigmentas, esantis stuburinių gyvūnų kraujyje.
Aerobiniuose organizmuose dujos vyksta per metaloproteinus, esančius kraujyje. Todėl hemocianinas ir hemoglobinas yra du metaloproteinai, kurie atitinkamai palengvina bestuburių ir stuburinių gyvūnų dujų mainus. Hemocianinas yra vario turintis kvėpavimo pigmentas, kuris yra suspenduotas bestuburių hemolimfoje. Priešingai, hemoglobinas yra geležies turintis kvėpavimo pigmentas, jungiamasis prie stuburinių raudonųjų kraujo kūnelių. Deguonies turinčios hemocianino formos spalva yra mėlyna. Bet deguonies pavidalo hemoglobino forma yra ryškiai raudonos spalvos.
