Pagrindinis skirtumas tarp endosimbiozės ir simbiozės yra tas, kad endosimbiozė yra teorija, apibūdinanti, kaip mitochondrijos ir chloroplastai pateko į eukariotines ląsteles, o simbiozė yra ilgalaikė sąveika tarp dviejų skirtingų gyvų rūšių.
Ekosistemoje esantys organizmai sąveikauja skirtingais būdais. Simbiozė yra dviejų skirtingų kartu gyvenančių rūšių sąveika. Kai kurios sąveikos yra naudingos abiem šalims, o kai kurios - neutralios. Tačiau kai kurios kitos sąveikos yra žalingos vienai šaliai, ypač organizmui, o kita šalis gauna naudą šeimininko sąskaita. Mes galime pamatyti visas šias sąveikos rūšis ekosistemoje. Tačiau šios sąveikos rūšys yra gyvybiškai svarbios ekosistemos stabilumui. Kita vertus, endosimbiozė yra teorija, paaiškinanti eukariotinės ląstelės kilmę iš prokariotinės ląstelės.
