Pagrindinis skirtumas tarp metagenomikos ir metatranscriptikos priklauso nuo kiekvienoje srityje tiriamų biomolekulių tipo. Metagenomika tiria DNR, jos sekas ir elgseną organizmuose, tuo tarpu metatranscriptika tiria perrašytą DNR, daugiausia mRNR sekas ir jos elgesį organizmuose.
Metagenomika ir metatranscriptika yra dvi sritys, kurios per metus įgijo didelį populiarumą mikrobų bendruomenės atžvilgiu. Jie yra svarbūs sveikatos priežiūros, pramonės ir žemės ūkio biotechnologijų srityse. Tiek metagenomika, tiek metatranscriptika leidžia tirti atskirus bendruomenės organizmus ir jų funkcinius vaidmenis, kurie yra naudingi arba žalingi.
