Esminis protonų ir elektronų skirtumas yra tas, kad protonas yra subatominė dalelė, randama atomo branduolyje, o elektronai yra dalelės, skriejančios aplink branduolį.
Atomai yra visų esamų medžiagų pagrindas. Atome yra branduolys, kuriame yra protonai ir neutronai. Elektronai skrieja aplink branduolį orbitose. Be to, branduolyje yra ir kitų mažų subatominių dalelių. Didžioji dalis atomo vietos yra tuščia. Patrauklios jėgos tarp teigiamai įkrauto branduolio (teigiamas krūvis dėl protonų) ir neigiamai įkrautų elektronų palaiko atomo formą.
