Pagrindinis skirtumas tarp endotoksino ir egzotoksino yra tas, kad endotoksinas yra lipopolisacharidas, esantis bakterijų ląstelių sienelėje, o egzotoksinas yra baltymas, kuris išskiria bakterijos ląstelės išorę.
Toksigenezė yra patogeninių bakterijų toksinų gamybos procesas. Tai yra vienas pagrindinių bakterijų naudojamų ligų sukėlėjų. Yra dviejų tipų bakteriniai toksinai: endotoksinai ir egzotoksinai. Yra skirtumas tarp endotoksino ir egzotoksino struktūriškai, taip pat chemiškai. Be to, jie skirtingai veikia gyvus organizmus. Paprastai endotoksinai yra lipopolisacharidai, o egzotoksinai yra baltymai.