Pagrindinis skirtumas tarp 1 fotosistemos ir 2 fotosistemos yra tas, kad 1 fotosistemoje yra reakcijos centras, sudarantis chlorofilą, P700 molekulę, kuri sugeria šviesą 700 nm bangos ilgiu. Kita vertus, II fotosistemoje yra reakcijos centras, apimantis chlorofilą - P680 molekulę, kuri sugeria šviesą 680 nm bangos ilgiu.
Fotosistemos yra chlorofilo molekulių, papildomų pigmento molekulių, baltymų ir mažų organinių junginių kolekcija. Yra dvi pagrindinės fotosistemos; I fotosistema (PS I) ir II fotosistema (PS II), esanti augalų chlorakoplastų tilakoidinėse membranose. Abu vykdo lengvą fotosintezės reakciją. Taigi augalams iš esmės reikalingos abi šios fotosistemos. Taip yra todėl, kad iš vandens pašalinantiems elektronams reikia daugiau energijos, nei galiu aprūpinti šviesos aktyvuota fotosistema. Taigi II fotosistema gali sugerti trumpesnio bangos ilgio (didesnės energijos) šviesą ir tandemoje susijungti su PS I, įgalindama ne ciklinį elektronų srautą.
