Esminis skirtumas tarp mikrofagų ir makrofagų yra tas, kad mikrofagas yra mažų fagocitų tipas, gyvenantis tik kelias dienas, o makrofagas yra didesnių, ilgesnio gyvenimo fagocitų tipas.
Mūsų imuninė sistema kovoja su įsiveržiančiais patogeniniais mikroorganizmais ir saugo mus. Vadinasi, tai yra sudėtinga sistema, įgyvendinanti daug skirtingų gynybos mechanizmų, kad būtų galima aptikti įsibrovėjus ir juos sunaikinti. Fagocitozė yra vienas mechanizmas, kurio metu fagocitai praryja įsiveržiančias daleles ir jas sunaikina. Fagocitai yra ląstelės, galinčios pasisavinti ir absorbuoti bakterijas, o kitos svetimos ląstelės ir infekcinės dalelės jose sunaikina. Atitinkamai yra du pagrindiniai fagocitų tipai, būtent mikrofagas ir makrofagas. Mikrofagas yra nedidelis polimorfonuklearinis fagocitas, kurio būna daug. Kita vertus, makrofagas yra tam tikras fagocitų tipas, kuris yra išdėstytas keliose svarbiose mūsų kūno vietose, kad veiktų kaip priekinis gynybos mechanizmas nuo įsiveržiančių dalelių. Jie yra didžiausi valgytojai mūsų imuninėje sistemoje.
