Pagrindinis skirtumas tarp egzoskeleto ir endoskeleto yra tas, kad egzoskeletas yra išorinis skeletas, esantis už gyvūno kūno ribų, o endoskeletas yra vidinis skeletas, esantis gyvūno kūne.
Gyvo organizmo kūnas, ar tai būtų bitė, ar žmogus, yra sudėtingas skirtingų organų tinklas. Šie organai atlieka keletą atskirų funkcijų, be to, yra harmoningai, subalansuotai ir funkciškai palaikantys kūną. Visi yra sudėtingi gamtos stebuklai, nes kiekviena rūšis turi savo ypatumą. Kai kurie turi tik endoskeletoną, kai kurie turi tik egzoskeletą, o kai kurie palaiko abu. Kaip rodo pavadinimas, egzoskeletas yra už kūno ribų, o endoskeletas - kūno viduje. Išorinis griaučiai apsaugo ir palaiko gyvūno kūną. Kita vertus, endoskeletas suteikia paramą ir apsaugą vidiniams minkštesniems ir trapiems organams, tokiems kaip širdis, plaučiai, inkstai ir kt.
