Pagrindinis skirtumas tarp GFP ir EGFP yra tas, kad GFP yra laukinio tipo baltymas, įtrauktas į ne žinduolių ląstelių molekulinį klonavimą, o EGFP yra patobulintas arba sukonstruotas GFP tipas, kurį galima naudoti žinduolių ląstelėse.
Molekulinis klonavimas yra pažangi technika, kurią mokslininkai nepaprastai naudoja ekspresuodami baltymus per rekombinantinę technologiją. Taikant rekombinantinę DNR, būtina sėkmingai transformuoti rekombinantinį vektorių, kad jis būtų organizmas. Taigi transformacijos proceso metu reikia nustatyti ir patvirtinti, ar dominantis genas buvo transformuotas į šeimininką. Norėdami tai įvertinti, molekuliniai biologai taiko keletą būdų. Iš šių metodų vienas yra reporterio genas. Šie reporterio genai veikia kaip pasirenkami žymekliai, kad būtų parinkti teisingi transformantai. Taigi, žaliasis fluorescuojantis baltymas (GFP) ir sustiprintas žalias fluorescuojantis baltymas (EGFP) yra du reporteriniai baltymai, naudojami molekuliniame klonavime.