Pagrindinis skirtumas tarp gliukogeninių ir ketogeninių amino rūgščių yra tas, kad gliukogeninės aminorūgštys katabolizuojant gamina piruvatą ar bet kokius kitus gliukozės pirmtakus, o ketogeninės amino rūgštys katabolizmo metu gamina acetil CoA ir acetoacetil CoA.
Aminorūgštys yra pagrindinės molekulės, sudarančios baltymų ir polipeptidų cheminę struktūrą. Nors yra skirtingos aminorūgščių klasifikacijos, galime jas priskirti gliukogeninėms ir ketogeninėms aminorūgštims, priklausomai nuo tarpinių medžiagų, kurias jos susidaro katabolizuojant. Kaip minėta aukščiau, galutinis aminorūgščių katabolizmo produktas suteikia dviejų tipų tarpinius produktus; arba piruvatas (arba į kitus gliukozės pirmtakus), arba acetil CoA ir acetoacetil CoA.
