Pagrindinis skirtumas tarp apomorfijos ir plesiomorfijos yra tas, kad apomorfija nurodo savybę, būdingą tik kladui ir randamą visuose to konkretaus palikuonio palikuoniuose, o plesiomorfija - charakteristiką, kuri yra klade, bet jos gali nebūti. visi klado nariai.
Filogenetikoje kladistika yra sritis, kuri klasifikuoja organizmus į kladus ar grupes pagal protėvių paveldimas savybes. Tai labai patikima tyrimo forma, padedanti analizuoti evoliucinius ir filogenetinius ryšius. Kiekvieno klado charakteristikoms, tokioms kaip apomorfija, plesiomorfija, autapomorfija, sinapomorfija ir homoplazija, apibūdinti galima naudoti skirtingas terminologijas ir kt. Tarp jų apomorfija ir plesiomorfija yra santykiniai terminai. Šių tyrimų metu kompiuterinė programinė įranga yra tikrai naudinga tiriant Apomorfijos ir Plesiomorfijos ypatybes ir ypatybes.