Esminis skirtumas tarp pepso ir proteazės yra tas, kad pepsinas yra vienos rūšies proteazė, o proteazė yra fermentas, skaidantis baltymus į aminorūgštis.
Baltymai yra svarbios makromolekulės, pagamintos iš skirtingų amino rūgščių. Aminorūgštys yra statybiniai baltymų blokai, ir jie polimerizuojasi į baltymus amidiniais ryšiais. Kai kurie fermentai gali suskaidyti baltymus į aminorūgštis, ir jie yra žinomi kaip proteazės. Yra įvairių tipų proteazių, kurios skiriasi pagal hidrolizės mechanizmą. Tarp jų pepsinas, kuris yra skrandžio proteazė, yra viena iš tokių rūšių.
