Pagrindinis skirtumas tarp mikoplazmos ir chlamidijos yra tas, kad mikoplazma yra bakterijų gentis, kuriai trūksta ląstelių sienelės, o chlamidijos yra bakterijų gentis, apimanti gramneigiamus ir įpareigojančius parazitus.
Mikoplazmos rūšys yra mažiausios iki šiol atrastos bakterijos, turinčios mažiausius genomus ir minimalų labai būtinų organelių skaičių. Mikoplazma yra be sienų esančios bakterijos. Taigi jie neturi apibrėžtos formos. Paprastai jie yra sferiniai gijinės formos ląstelėms. Priešingai, chlamidijos yra bakterijų gentis, turinti ląstelių sieneles. Tai gramneigiamos bakterijos. Tiek mikoplazma, tiek chlamidijos sukelia lytiškai plintančias ligas. Be to, jie sukelia panašius simptomus, tačiau juos galima gydyti skirtingais antibiotikais.
