Esminis skirtumas tarp melatonino ir serotonino yra tas, kad melatoninas yra hormonas, kuris padeda mums užmigti, o serotoninas yra neuromediatorius, kuris padeda mums jaustis budriems, kai keliamės kitą dieną.
Melatoninas yra į neuromediatorių panaši medžiaga. Tai yra hormonas, kurio padaugėja tamsoje. Serotoninas yra neuromediatorius, veikiantis priešingai nei melatoninas. Saulės spinduliuose serotonino lygis padidėja. Tiek melatoninas, tiek serotoninas reguliuoja įvairias mūsų kūno funkcijas, tokias kaip apetitas, nuotaika ir miegas. Trumpai tariant, melatoninas yra ta medžiaga, kuri padeda mums užmigti, o serotoninas yra ta medžiaga, kuri padeda mums kitą rytą jaustis budriems.