Pagrindinis skirtumas tarp estrogeno ir progesterono yra tas, kad estrogenas yra pagrindinis moteriškas lytinis hormonas, kuris yra atsakingas už moterų reprodukcinės sistemos augimą ir antrines lytines savybes, o progesteronas yra kitas moteriškas lytinis hormonas, kuris yra svarbus palaikant ir palaikant nėštumas.
Moterys sintetina keletą lytinių hormonų, įskaitant estrogeną ir progesteroną. Tai yra steroidiniai hormonai, susiję su moterų lytimi ir kitomis elgesio ypatybėmis. Tarp šių dviejų hormonų estrogenas yra pagrindinis moteriškas lytinis hormonas, o progesteronas yra svarbus nėštumo metu. Abu šie hormonai daugiausia gaminami kiaušidėse, o jų gamyba natūraliai sumažėja moteriai pasiekus menopauzę. Be to, tiek vyrai, tiek moterys gamina progesteroną. Tačiau vyrai negali gaminti estrogeno hormono.