Pagrindinis skirtumas tarp genokopijos ir fenokopijos yra tas, kad genokopijose fenotipai yra panašūs, o genotipas keičiasi, tuo tarpu fenokopijoje fenotipai skiriasi ir genotipas lieka nepakitęs.
Genokopijos ir fenokopijos skirtumai paaiškina retus genetikos atvejus. Šios dvi sąvokos parodo, kaip tradicinė genetika ar Mendelio genetika gali skirtis, atsižvelgiant į gamtos išimtis. Genocopy reiškia panašaus fenotipo suteikimo reiškinį, nepaisant skirtingo genotipo. Priešingai, fenokopija reiškia reiškinį, kai fenotipai skiriasi, nepaisant genotipo nepakitimo.