Esminis skirtumas tarp junginio ir izomero yra tas, kad junginys reiškia cheminius junginius, turinčius panašią struktūrą ir panašias savybes. Tuo tarpu izomeras reiškia molekules, turinčias tą pačią cheminę formulę, bet skirtingą struktūrą.
Sąvokos giminės ir izomeras reiškia junginių grupes, kurios sugrupuotos pagal jų panašumus. Sąvoka „giminingas junginys“gali būti skirtingai apibrėžta, tačiau chemijoje dažniausiai naudojame apibrėžimą, kad būsenos junginiai yra panašių struktūrų ir panašių savybių cheminiai junginiai. Kita vertus, izomerai yra junginiai, turintys skirtingą struktūrą, bet panašią atominę sudėtį; taigi jie taip pat turi skirtingas savybes.
