Pagrindinis skirtumas tarp tiesioginės ir netiesioginės imunofluorescencijos yra tas, kad tiesioginės imunofluorescencijos metu naudojamas vienas antikūnas, kuris veikia prieš dominantį tikslą, o netiesioginė imunofluorescencija naudoja du antikūnus norimam tikslui žymėti.
Imunofluorescencija arba ląstelių vaizdavimas yra metodas, naudojamas konkretaus taikinio antigenui žymėti fluoroforu. Čia fluoroforas yra fluorescuojantis cheminis junginys, kuris gali sužadinti šviesą iš naujo. Kai fluoroforas jungiasi su taikinio antigenu, jis leidžia aptikti tikslinę molekulę mėginyje. Norėdami jį apibūdinti toliau, kai antigenas jungiasi su specifiniu antikūnu, jis gali būti konjuguotas su fluoroforais. Taigi, stebint fluorescenciniu mikroskopu, lengva nustatyti tikslinio antigeno buvimą mėginyje.
Be to, yra dviejų tipų imunofluorescencija; tiesioginė ir netiesioginė imunofluorescencija. Skirtumas tarp tiesioginės ir netiesioginės imunofluorescencijos slypi panaudotų antikūnų skaičiuje ir konjugacijoje su fluoroforu. Tai yra, esant tiesioginei imunofluorescencijai, fluoroforas tiesiogiai konjuguojasi su pirminiu antikūnu, o netiesioginės imunofluorescencijos metu - fluoroforas konjugatu su antriniu antikūnu.
