shRNR ir siRNR
RNR trukdžių (RNR) proceso metu tikslinio geno ekspresija yra numušama labai specifiškai ir selektyviai. RNr yra natūralus procesas, apimantis mažą interferuojančią RNR (siRNR) ir trumpą plaukų segtuko RNR (shRNR) bei bifunkcinę shRNR. Šiuo metu RNAi yra plačiai naudojama kaip individualizuoto vėžio terapijos priemonė. RNR taikymai iš esmės atliekami naudojant chemiškai sintezuotas dvigubas grandines siRNR ir vektorines shRNR molekules. Nors šių dviejų molekulių funkciniai rezultatai yra panašūs, jos skiriasi savo struktūra; taigi šių dviejų molekulių molekuliniai veikimo mechanizmai, RNR keliai ir poveikis už taikinių taip pat skiriasi.
shRNR
shRNR yra mažos RNR molekulės seka, kuri daro tvirtą plaukų segtuko posūkį, kuris gali būti naudojamas taikinio geno ekspresijai nutildyti RNR metu. ShRNR ekspresija pasiekiama per vektorių, kuris gali būti virusas arba bakterija, arba pernešant plazmides. Jie sintetinami ląstelių branduolyje ir gabenami į citoplazmą tolesniems procesams. Šios molekulės turi panašius miRNR brendimo kelius; taigi miRNR sintezė suteikė pagrindą suprasti shRNR sintezę. Bet kuri RNR II arba III polimerazė gali perrašyti shRNR per RNR II arba III polimerazės promotorius. ShRNR naudojimo pranašumas yra tas, kad jose skilimas ir apyvarta yra palyginti maži. Trūkumas yra tas, kad jam reikia išraiškos vektoriaus, kuris gali sukelti tam tikrų saugumo problemų.
siRNR
siRNR yra dvigubos grandinės RNR molekulės, sudarytos iš 20–25 bazių porų ilgio. Jie naudojami genų slopinimui nutildant bet kurį geną su papildoma nukleotidų seka RNAi kelyje. Genų nukenksminimas per siRNR transfekciją dažnai būna nesėkmingas dėl laikino poveikio; ypač greitai besidalijančiose ląstelėse ir slopinimas trunka ne ilgiau. Norint įveikti šią problemą, siRNR modifikuojama įvedant trumpą segtuko struktūrą. Ši modifikuota molekulė tada buvo žinoma kaip shRNR. shRNR turėtų konvertuoti į siRNR Dicer, kad būtų vykdoma įprasta funkcija.
Koks skirtumas tarp shRNR ir siRNR?
• Skirtingai nuo siRNR, shRNA turi papildomą plaukų segtukų struktūrą. shRNR yra modifikuota siRNR versija.
• shRNR reikia ekspresijos vektoriaus, o siRNR - ne.
• shRNR gali būti naudojama ilgalaikiam nukentėjimui, o siRNR - tik trumpalaikiam genų nukonkuravimui.
• Skirtingai nuo siRNR genų slopinimo, shRNR slopinimas yra ilgalaikis ir, jei jis įterpiamas per atitinkamą virusinį vektorių, jis gali sukelti nuolatinį genų slopinimo efektą.
• Norint atlikti įprastas funkcijas, shRNR konvertuoti į siRNR molekulę reikalingas Diceris.
