Pagrindinis skirtumas tarp 1D ir 2D gelio elektroforezės yra savybės, naudojamos baltymams atskirti elektroforezės metu. 1D gelio elektroforezė atskiria baltymus tik pagal molekulinę masę, o 2D gelio elektroforezė atskiria baltymus pagal jo isoelektrinį tašką ir molekulinę masę.
Baltymų atskyrimas elektroforezuojant geliu yra svarbus būdas apibūdinti baltymus. Baltymai turi skirtingas savybes; todėl atskyrimas yra sudėtingesnis, palyginti su DNR atskyrimu naudojant agarozės gelio elektroforezę.