Pagrindinis skirtumas tarp DMSO ir MSM yra tas, kad DMSO yra sieros organinis junginys, egzistuojantis skystoje fazėje, o MSM yra sieros organinis junginys, egzistuojantis kietojoje fazėje.
Terminas DMSO reiškia dimetilsulfoksidą, o terminas MSM reiškia metilsulfonilmetaną. Tai abu organiniai sieros junginiai. Tai reiškia; šie junginiai turi sieros atomų, susietų su organiniais junginiais. Pagrindinis skirtumas tarp DMSO ir MSM yra medžiagos fazėje, kurioje šie junginiai egzistuoja kambario temperatūroje. Be šio pagrindinio skirtumo, yra ir keletas kitų skirtumų.