Pagrindinis skirtumas - proteomika ir transkripptika
Omikos technologija yra dabartinė tendencija, kai į skirtingas organizmo biomolekules žiūrima kaip į visą kolekciją, atsižvelgiant į jo savybes ir funkcijas. Omikos technologija turi daugybę programų. Įvairi biologinio mėginio omika apima genomiką, proteomiką, transkripptiką ir metabolomiką. Proteomika apima išsamų visų gyvojo organizmo baltymų tyrimą. Jis apibrėžiamas kaip visų organizme ekspresuotų baltymų visuma, jo struktūrinės ir funkcinės savybės. Todėl visas baltymų rinkinys sudaro proteomą. Transkriptomika yra išsamus visų žinomų RNR (mRNR) molekulių, esančių gyvame organizme, tyrimas. Taigi, transkriptomika nagrinėja genus, kurie aktyviai pasireiškia gyvame organizme. Bendras MRNR rinkinys gyvame organizme vadinamas transkriptu. Pagrindinis skirtumas tarp proteomikos ir transkripptikos yra pagrįstas biomolekulės tipu. Proteomikoje tiriamas visas ekspresuotų baltymų rinkinys gyvame organizme, o transkriptomikoje - visa gyvo organizmo mRNR.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra proteomika
3. Kas yra transcriptomics
4. Proteomikos ir transcriptomics panašumai
5. Šoninis palyginimas - Proteomics vs Transcriptomics lentelės forma
6. Santrauka
Kas yra proteomika?
Terminas proteomika buvo sukurtas 1995 metais ir iš pradžių buvo apibrėžtas kaip bendras baltymų komplementas ląstelėje, audinyje ar organizme. Tobulėjant proteomikos tyrimams, jis buvo modifikuotas, kad būtų laikomas pagrindiniu terminu, į kurį buvo įtraukta daugybė studijų krypčių. Šiuo metu pagal proteomiką nagrinėjama baltymų struktūra, orientacija, funkcijos, sąveika, modifikacijos, pritaikymas ir baltymų svarba. Todėl šiuo metu atliekama daugybė tyrimų proteomikos srityje.
Pirmieji proteominiai tyrimai buvo atlikti siekiant nustatyti baltymų kiekį Escherichia coli. Bendrojo baltymų kiekio kartografavimas buvo atliktas naudojant dviejų matmenų (2D) gelius. Kai tai pavyko, mokslininkai pradėjo apibūdinti bendrą baltymų kiekį tokiuose gyvūnuose kaip jūrų kiaulytės ir pelės. Šiuo metu žmogaus baltymų kartografavimas atliekamas naudojant 2D gelio elektroforezę.
Proteomikos taikymai
Yra daug privalumų studijuojant proteomiką, nes dėl baltymų katalizatoriaus savybės baltymai yra didžiąją aktyvumo dalį valdančios molekulės. Taigi visų baltymų tyrimas gali suteikti informacijos apie organizmo sveikatos būklę. Kai kurios programos yra;
- Genomo anotacija: tiriant baltymų kiekį organizme, galima nustatyti tikslius genomus, atsakingus už aktyvų baltymų junginį. Šiame scenarijuje yra visos genomikos, transkripto ir proteomika yra svarbios.
- Ligos nustatymas / diagnostika: Proteomika naudojama nustatant ligos būklę, lyginant sveikus ir sergančius
- Atlikti eksperimento metu ištirtą baltymų ekspresiją.
- Baltymų modifikacijos ir sąveikos tyrimai: Norint naudoti baltymus in vitro arba in vivo sąlygomis, nuspręsti dėl šių ekstrahuotų baltymų laikymo sąlygų ir ištirti baltymų elgesį in vitro, in vivo ir in-silico metodais.
01 pav. Proteomika
Proteomikoje yra įvairių būdų
- Viso baltymo ekstrahavimas ir baltymų atskyrimas naudojant 2D gelio elektroforezę. Baltymus taip pat galima atskirti naudojant didelio efektyvumo skysčių chromatografiją (HPLC).
- Ekstrahuotų baltymų sekvenavimas naudojant tokius metodus kaip Edmundo sekos nustatymo metodas arba masių spektrometrija.
- Nustačius sekas, naudojant kompiuterinę programinę įrangą ir bioinformatikos priemones analizuojamos baltymų kiekio struktūrinės ir funkcinės savybės.
Kas yra transkripta?
Transkripcijos terminas sukurtas neseniai. „Transcriptomics“yra viso organizmo mRNR kiekio tyrimas. Bendra mRNR yra išreikšta DNR gyvame organizme ar ląstelėje. Visas MRNR rinkinys vadinamas transkriptu.
Veiksmai analizuojant stenogramą apima:
- RNR ekstrahavimas, mRNR atskyrimas naudojant koloninę gelio chromatografiją su poli DT granulėmis.
- Atliekama iRNR seka.
„Microarray“technologija yra vienas įprastas organizmo transkripcijos identifikavimo būdas. „Microarray“technika apima zondo plokštelę su papildomomis transkripcijos sruogomis. Hibridizavus galima apibūdinti organizme ar ląstelėse esančią MRNR.
02 pav. Transkriptiškos technikos
Transkriptomika dabar plačiai naudojama medicinos srityje. Ligos diagnostika ir ligų profiliavimas yra pagrindinės sritys, kuriose naudojama Transcriptomics. Analizuojant organizmo transkripciją, galima nustatyti svetimą mRNR, o jei yra kokių nors infekcijų, ją galima nustatyti. Nekoduojančią RNR galima atskirti naudojant transkripto technologijas. Taip pat galima stebėti genų raišką esant skirtingiems aplinkos įtempimams.
Kuo panašūs proteomika ir transkripptika?
- Abi yra ominio technologijos sampratos dalis.
- Abi yra naudojamos ligų diagnostikai ir organizmo apibūdinimui.
- Abi tyrimo sritys buvo susijusios su biomolekulės ekstrahavimu, biomolekulės atskyrimu ir sekos nustatymo etapais.
Kuo skiriasi proteomika ir transkripptika?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
Protemikai ir transkripto simptomai |
|
| Proteomika apima išsamų visų gyvojo organizmo baltymų tyrimą. | Transkriptomika yra išsamus visų žinomų RNR (mRNR) molekulių, esančių gyvame organizme, tyrimas. |
| Studijavo biomolekulių tipą | |
| Baltymai tiriami proteomikoje. | iRNR tiriamos transkriptomikos srityje. |
| Ištirti veiksniai | |
| Proteomikoje tiriama baltymų struktūra, funkcija, sąveika, modifikacijos ir pritaikymas. | Transkriptijoje tiriama sekos struktūra, sąveika su aplinka ir MRN taikymai. |
Santrauka - Proteomika vs Transcriptomics
Omikai vaidina svarbų vaidmenį gyvybės mokslų srityje. Proteomika reiškia proteomo tyrimą, kuris ląstelėje ar organizme sudaro visas baltymų kolekcijas. Transkriptomika reiškia transkripcijos tyrimą, kuris yra visas išreikštos DNR rinkinys, esantis mRNR. Dvi tyrimo sritys - proteomika ir transkripptika - buvo nustatytos įvedus genomiką ir šiuo metu plačiai naudojamos medicininėje diagnostikoje, organizmų apibūdinime ir atrankoje. Tuo skiriasi proteomika ir transkripptika.
Atsisiųskite „Proteomics vs Transcriptomics“PDF
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia: „Proteomics“ir „Transcriptomics“skirtumas
