Esminis skirtumas tarp chromatofokusavimo ir izoelektrinio fokusavimo yra tas, kad chromatofokusavimas yra kolonėlių chromatografijos metodo tipas, kuriame naudojamos jonų mainų dervos, o izoelektrinis fokusavimas yra elektroforezės technikos tipas, kuriame naudojami nejudantys pH gradiento geliai.
Chromatofokusavimas ir izoelektrinis fokusavimas yra du metodai, atskiriantys baltymus pagal jų izoelektrinius taškus. Tiek chromatofokusavimas, tiek izoelektrinis fokusavimas turi didelę skiriamąją galią. Chromatofokusavimas yra didelės skiriamosios gebos kolonėlių chromatografijos metodas, o izoelektrinis fokusavimas yra elektroforetinio atskyrimo metodas. Be to, chromatofokusuojant nenaudojamas elektrinis laukas, o izoelektriniam fokusavimui reikalingas elektrinis laukas.
